健康管理师是2005年10月劳动和社会保障部第四批正式发布的11个新职业之一。2005年12月，劳动和社会保障部425号文件《 关于同意将医疗救护员等2个新职业纳入卫生行业特有职业范围的函》将健康管理师列为卫生行业特有职业(工种)归入卫生部进行管理。卫生部职业技能鉴定指导中心负责该职业的职业技能鉴定相关工作，是该职业国家职业资格唯一的认证单位。
健康管理师职业工种自公布以来，人社部和国家卫计委两个部门均同步将该职业工种纳入了职业鉴定。为规范行业秩序，从2018年一月起，人社部门停止该职业工种的鉴定工作，统一归口由国家卫生计生委职业技能鉴定指导中心统一鉴定。对原人社部已经鉴定的健康管理师除卫生系统外国家均予以认可，并在人社部官网查询。
卫计委(原国家卫生部)相关领导明确强调：健康管理师是卫生行业特有职业!其他部委或机构以任何形式颁发的非国家卫计委的健康管理师或颁发的职业资格证书都是不被卫生行业认可的!并实行联网查询!卫计委(原国家卫生部)的健康管理师职业资格证书，是卫生行业唯一认可的健康管理师职业资格证书。