隐球菌病病理变化，新型隐球菌为圆形或卵圆形和酵母菌，一般为单芽，厚壁，有宽阔、折光性的胶质样荚膜。隐球菌大小相差很大，不包括荚膜一般直径多在4～7μm左右。有些直径可达20μm.周围荚膜由粘多糖组成，厚约3～5μm.在HE染色组织切片中，隐球菌呈淡红色，不易察见。用PAS反应或爱先蓝染色则清晰可见。
隐球菌在组织内引起慢性炎症反应。病变与病期早晚有关，早期由于病原体产生大量荚膜物质，病变呈胶胨样。这些荚膜物质能抑制粒细胞的趋向性和吞噬作用，所以病灶内炎症反应轻微，中性粒细胞很少，只有少数淋巴细胞和组织细胞浸润。新鲜活动的病灶中可见大量隐球菌，并有多数呈出芽状态，悬浮于胶胨样荚膜物质中，有些病原体被巨噬细胞吞噬。
晚期病变为肉芽肿性。病变区域纤维组织增生，其间有大量巨噬细胞、异物巨细胞和淋巴细胞。多数巨噬细胞和异物巨细胞胞浆内都可有隐球菌。肉芽肿性病灶逐渐扩大可压迫周围组织，以后病灶可由纤维组织包围或形成纤维疤痕，一般不发生钙化。
中枢神经系统隐球菌病主要表现为脑膜炎。脑膜增厚，以脑底部最明显，蛛网膜下腔内有大量稠厚的胶胨样物质和少数巨噬细胞。有时细胞渗出物较多，并有肉芽肿形成。脑膜可与脑组织粘连，影响脑脊液循环。感染可沿血管周围间隙侵入脑组织，有时可在脑组织内（主要在灰质和基底节）形成许多小囊腔。镜下可见囊腔为扩大的血管周围间隙（图18-32），腔内充满隐球菌及其所排泌的胶样物质。其中的血管细小，有时可有血管内膜炎和血栓形成。周围脑组织可因缺血而发生软化。胶质细胞可有轻度增生。后期，肉芽肿性病灶可发生在脑膜、脑实质和脊髓。隐球菌性脑膜炎起病缓慢，临床症状与结核性脑膜炎相似，很容易误诊。脑实质病变范围较大时，常与脑的占位性病变混淆，脑脊液检查寻找病原体可确定诊断。