AP蛋白的生物学功能。1.抑制蛋白酶的作用：创伤、感染等引起的应激时，体内蛋白水解酶增多，过多的蛋白水解酶可引起组织的损害。AP蛋白中有蛋白酶抑制物，例如α1-抗胰蛋白酶、α1-抗糜蛋白酶、C1酯酶抑制因子、α2-抗纤溶酶等。应激时，这些酶的消耗增加，同时合成也增加，以保证蛋白酶抑制物能得到必要的补充。
2.凝血和纤溶纤维蛋白原：在凝血酶作用下形成的纤维蛋白在炎症区组织间隙构成网状物或凝块，有利于阻止病原体及其毒性产物的扩散；继而纤溶系统的激活又可在晚些时候溶解这些凝块而使组织间隙恢复原状。然而，凝血和纤溶系统的过度激活却有可能导致DIC而给机体造成严重的后果。
3.清除异物和坏死组织：某些AP蛋白具有迅速的非特异性的清除异物和坏死组织的作用。例如C-反应蛋白容易与细菌细胞壁结合，又可激活补体的以经典途经，促进大、小吞噬细胞的功能。这就使得与C-反应蛋白结合的细菌迅速地被清除。
4.清除自由基：如铜蓝蛋白能活化超氧化物岐化酶（superoxide dismutase，SOD），故有清除氧自由基的作用。
5.其他：如血清淀粉样物质A可能有促使损伤细胞修复的作用；纤维连接蛋白则能促进单核细胞、巨噬细胞和纤维母细胞趋化性，促进单核细胞膜上Fc受体和C3b受体的表达，并活补体旁路，从而促进单核细胞的吞噬功能，等等。