药物的被动扩散。被动扩散：以溶质浓度梯度作为动力以使药物通过细胞膜的一种转运过程。大多数药物分子是通过简单扩散方式透过一层膜被动地从高浓度区（如胃肠液）进入到低浓度区（如血液）。因为药物分子经由体循环迅速转运到大容积的体液和组织中去，所以开始时血液中药物浓度低于给药部位的浓度，形成大的浓度梯度。扩散速率直接与该梯度成正比，而且还依赖于药物的脂溶性，解离程度，分子量大小以及吸收表面的面积。由于细胞膜是类脂质，脂溶性高的药物比脂溶性低的药物扩散得更快。小分子透过膜的速度也要比大分子快。
多数药物是弱有机酸或弱有机碱，在水性环境中是以非解离型或解离型而存在的。非解离型部分通常是脂溶性的，很容易透过细胞膜扩散。解离型则由于其脂溶性低，不易透过细胞膜，还由于细胞膜表面带电荷基团也会阻碍解离型通过。因此，药物穿透速率主要取决于非解离型。一个能解离的药物透过生物膜到达分布平衡取决于药物的pKa（药物的非解离型和解离型浓度相等时的pH）和当时的pH梯度。对于一种弱酸性药物来讲，pH值越高，非解离型对解离型的比率就越低。现设一弱酸性药物（pKa为4.4），在血浆中（pH7.4）非解离型对解离型的比率是1：1000，而在胃液中（pH1.4），则比率相反，为1000：1.当这种弱酸性药口服给药时，在胃与血浆之间形成很大的非解离型药物浓度梯度，这种情况有利于透过胃粘膜扩散。由于只有非解离型药物能透过细胞膜，故在平衡状态下，非解离型药物在胃中和血浆中的浓度相等，而血浆中解离型药物浓度要比胃中高约1000倍。对于一种pKa4.4的弱碱性药物来讲，其情况则相反。因此在理论上，弱酸性药物（如阿司匹林）在酸性介质中（胃腔）应当比弱碱性药物（如奎宁）更易吸收。然而，不管是酸性或碱性药物，大多数药物的吸收是在小肠内进行的（见下文口服给药）。