丙型肝炎病毒微生物学诊断，1989年，Kuo等建立了抗-C-100放射免疫试验方法（RIA），随后Ortho公司又研制成功酶联免疫试验方法（ELISA）检测抗-C-100。这两种方法均用重组酵母表达的病毒抗原（C-100-3，为NS4编码的蛋白，含363个氨基酸），经纯化后包被微量塑料板孔，然后加被检血清，该病毒抗原即与被检血清中抗-C-100结合，最后加同位素或酶标记的鼠抗人lgG单克隆抗体，加底物显色判断结果。
用上述酶联免疫试验法（ELISA）检测抗-C-100有如下缺点：1. 抗-C-100出现较晚，约半数输血后丙型肝炎病人于输血后4～6个月抗—C-100首次阳转，因此，不宜作为急性丙型肝炎的常规实验室诊断；2.抗-C-100不是中和抗体，也不是lgM抗体，而是lgG 抗体； 3.本法不够灵敏，少数丙型肝炎病人检测不到抗-C-100；4.有非特异性，一些自家免疫性慢性肝病患者可出现假阳性，因此，抗HCV阳性需作重组免疫印迹试验(Recombinant Immune BlotAssay, RIBA, 或称 Western Blot)证实。
由于HCV核心抗体出现较早，因此，最近美国第二代酶联免疫试验法（ELISA）检测抗HCV。该试剂盒采用HCVC区编码蛋白C-22-3和非结构区NS3编码蛋白C-33-3和C-100-3包被载体。用本法检测抗HCV，其检出率可提高25～30%，且检出抗HDV的时间也可提早16～42天。
本法是将HDV RNA逆转录为HCV DNA，选用高度保守的5′非编码区引物扩增放大后作电泳观察结果。本法较灵敏。由于肝和血清中HCv RNA出现较抗-HCV为早，一些HCV感染者抗HCV尚未阳转时，其肝和血清中已可测到HDv RNA。HCV RNA阳性，说明病毒在体内复制；HCV RNA阴转，说明病毒被清除。因此，RT-PCR可作为丙型肝炎的早期诊断和献血员筛查的出现指标，也可作为丙型肝炎预后的一个指标。
感染HCV的黑猩猩或病人血清中提取lgG，用间接免疫荧光或间接免疫酶组化法检测肝内HCV抗原。