事业编VS合同制除了工资真正的差距在这里，尽管公立医院取消事业编制已经是大势所趋，但由于历史遗留等多方面因素制约，除了新近成立的深圳市宝安区纯中医医院等极少数医疗机构外，全国范围内绝大多数
相应地，「编内」与「编外」医护在工资待遇、福利保障、职务职称晋升上都存在一定差距。
随着医疗事业单位「去编制化」不断推进，目前公立医院医护职工获得事业编制身份变得越来越困难。
目前，一些医院已经对编制采取「只出不进」措施，具有编制身份者主要为以前的年老员工、外单位调入职工。
即使是高层次医学人才如医学博士、副高以上职称，进入大医院想要取得编制身份也逐渐变得困难起来。
江苏省南京市近两年不少二、三级医院公开招聘新进员工，出现大量博士、副高职称临床医师编制外管理，但报名应考者同样挤破头。
一种是农村乡镇卫生院招聘大学本科以上、取得执业医师资格者，以及偏远落后地区县级公立医院招聘硕士研究生以上、取得执业医师资格者。
全国情况来看，除了偏远地区，临床医学博士进入省级三甲医院获取编制正在变得困难。
随着公立医院改革的不断推进，鉴于临床医师是医院的中坚力量，为了调动合同制临床医师工作积极性，绝大多数医院都在医师总收入占最大一块的「绩效工资」上做到编制内外医师同工同酬。
但基础工资和其它福利待遇上，不同地区、不同医院依然存在较大差别。有的医院几乎完全做到同工同酬，而有的医院则差距悬殊。
事业编制医护档案由具有人事管理权限的单位人事科保管或当地卫健委人事部门保管，也有的是在当地人力资源局保管。
合同制医护档案由单位所在地人才市场或者户籍所在地人才市场保管（备注：档案不能自行保管）。
事业编制身份医护与当地卫健委确立人事关系，由卫健委派遣到该家医院工作，即使该医院倒闭关门或合并。
卫健委也会负责将医护安排到其它医院就业。而合同制医护只是与所在医院确立劳动关系，一旦医院倒闭，医师就得自行另谋职业。
编制内医护基础工资执行国家事业单位统一标准（分为差额、全额两种），根据医护人员工龄、学历、职称、职务确定薪级标准，并由政府专项财政拨款。
而合同制医护基本工资则由医院内部规定设定。目前这一块是最受合同制医师「诟病」的部分，因为在某些地区和医院，编制内医护基础工资待遇是合同制医护的 2 倍，但目前也有少数医院利用医院自身经费基本补齐了这一块。
通常社保指的是「五险一金」。编制内医护社保缴纳执行当地国家事业单位统一规定的标准。合同制医护社保缴纳标准由医院根据当地最低社保缴费标准，结合医院自身情况确定。
有的医院只是对「五险」足额缴纳，而对「一金」（住房公积金）打折缴纳，但也有的医院为了激励骨干医护人员，编制内外同样标准缴纳。
编制内人员退休后根据自身职务、职称、工龄等情况，领取在职期间 80% 以上基本工资。
而合同制人员退休后则按照社会统筹领取养老金，原则上退休前缴纳越多，退休后领取养老金待遇越高。
公立医院有一套不成文的规定，通常院长、党委书记、大科主任等医院中高层管理者，都是编制内人员。
职称晋升方面，初中级职称已经实现全国统考，对于编制内外医护影响不大，只要考过就可以了。
由于公立医院医护身份存在「编制内」和「编制外」的区别，有些医院管理不够完善，「官本位」思想严重，无视编制外与编制内医护同样工作，却不给予相同的待遇报酬和发展平台。
同在一个屋檐下，做着相同的工作，却不能得到相同的报酬待遇，让他们感到自身是「二等公民」。
造成不少合同制医护心理严重失衡，在当前医疗人才流动平台日趋便捷的环境下，以及面对民营医院强大的「挖人」攻势，不少编制外医护纷纷跳槽离职。
因为合同制人员未与医院确立人事关系，离职较为容易，只要按照劳动合同法与医院解除劳动关系就可以了。
与此同时，编制内人员对所在医院归属感更强，但如其遇到薪酬福利待遇更加优厚的民营医院或者其他平台更好的公立医院，其流动则会受到重重限制和阻碍。这方面，有了编制身份后反而不容易离职了。
由于「编内」和「编外」医护同工不同酬现象会严重挫伤了合同制人员的工作积极性，影响医院人才队伍的稳定，进而威胁到医疗质量安全。
在现阶段情况下，为了提升医院人才队伍的稳定性，于是医院管理者也开始千方百计、努力做到「同工同酬」。
2018 年 12 月 20日，国家六部委下发《关于开展建立健全现代医院管理制度试点的通知》，明确 148 家公立医院作为试点，医务人员实行全员聘用制管理。这就意味着，同工同酬将进一步以制度形式确立下来。
努力做到编制内外人员同工同酬，各地卫健委、各家大小医院管理者医院纷纷在行动。